Nordborg var i en stor del af middelalderen kongens besiddelse, og har i flere omgange været en del af indtægtsgrundlaget for kongelige enker.
I 1571 arvede Frederik 2´s bror Hans den Yngre og sin mor Dronning Dorotheas besiddelser på Als og Sundsved – herunder Nordborg. Han var en driftig mand, som i de følgende 50 år til stadighed udvidede og forbedrede sine besiddelser. Det gav bl.a. anledning til en række byggeprojekter på og omkring Nordborg Slot.
Da hertug Hans den Yngre døde i 1622, blev hans besiddelser delt op i en række små hertugdømmer,  herunder hertugdømmet Nordborg, som gik til sønnen Johan Adolf. Han døde imidlertid allerede to år efter, og hertugdømmet gik så videre til den yngre søn Frederik.

Besættelser og brande

Nordborg blev besat flere gange under svenskekrigene først af svenskere, siden af brandenburgske og polske tropper, og til sidst af svenske tropper igen indtil fredsslutningen i 1660.  
I 1665 udbrød der brand på slottet, og det nedbrændte. Hertugen Hans Bugislav, gik fallit, og fik frataget sit len, som gik videre til Hans Bugislavs fætter August ad Plõn. I 1678 begyndte genopbygningen af slottet, og det er dette årstal, man kan se i det hertugelige våbenskjold over hovedindgangen.
I 1730 kom Nordborg igen under kronen. Der var et jordtilliggende til Nordborg på ca. 400 hektar, men i de efterfølgende årtier blev meget af jorden udstykket til bøndergårde, og i 1766 blev slottet solgt til privateje, og dele af bygningerne nedbrudt og solgt som byggemateriale.  

Højskole og efterskole

I 1909 blev slottet købt af Nordborg by. Det var den tysksindede borgmester Klinkers drøm at bygge en højskole, som skulle være en modvægt mod de danske højskoler nord for grænsen.
Slottet blev herefter genopbygget efter tegninger af arkitekt Eugen Fink, og i 1910 blev slottet udlejet til den tyske højskoleforening i Nordslesvig.  
Efter Genforeningen i 1920, blev slottet købt af grosserer Johan Hansen. Han oprettede Stiftelsen Nordborg Slot, som siden 1922 har drevet dansk efterskole på stedet.