Frodig agerjord og strategisk beliggenhed har siden oldtiden gjort området omkring Schackenborg attraktivt og rigt. Ingen ved med sikkerhed, hvornår eller hvem der først slog sig ned på Schackenborgs jorde, men området har med al sandsynlighed været beboet siden oldtiden.
Få kilometer fra Schackenborg blev Danmarks rigeste og mest sensationelle guldfund gjort, da to smukke og kunstfærdige guldhorn fra 400-tallet blev fundet med næsten 100 års mellemrum. Med sig bærer de vidnesbyrd om et område, der allerede i den germanske jernalder var frugtbart og velstående.
Før Danmark blev kristent i 900-tallet, har der formentlig ligget en storgård, hvor Schackenborg ligger i dag, og meget tyder på, at der omkring 1050, i den tidligste middelalder, lå et fæstningsværk. Hvor Schackenborgs jordes tidligste historie er forbundet med stor usikkerhed, bliver historien dog langt mere konkret i 1200-tallet. I 1234 nævnes nemlig Møgeltønderhus for første gang i de skriftlige historiske kilder. Møgeltønderhus er den borg, som Hans Schack over 400 år senere fik overdraget af Kong Frederik den III, og stedet hvor han siden byggede Schackenborg.
Gennem elleve generationer blev Schackenborg nedarvet fra far til søn i slægten Schack.
Den nuværende hovedbygning er opført mellem 1662 og 1666 af Hans Schack.
Hovedbygningen fremstår i 2014 som et hvidkalket, trefløjet anlæg i to etager med grå og gule dekorationer.
Fra 1978 var Schackenborg i kongefamiliens eje. I 1993 overtog Hans Kongelige Højhed Prins Joachim Schackenborg og ejede den indtil 2014.