Den del af Skanderborg Slot, der stadig står i dag, nemlig Slotskirken, stammer fra Frederik 2.´s tid (1559-1588). 
Han besluttede i 1561 at modernisere den gamle middelalderborg. En stor del af materialerne kom fra Øm kloster, som kongen lod nedrive. Munkesten og granitkvadre blev fragtet ad søer og åer og anvendt til opførelsen af en helt ny fløj i renæssancestil øst for den gamle borg.
Frederik 2. opholdt sig ofte i Nørrejylland med sit hof, og han kendte ”ikke […] noget bekvemmere sted end Skanderborg Slot”.
Slottet blev derfor sat i stand, og i 1572 var arbejdet nået så langt, at kongen kunne tage vinterophold på slottet med sin unge brud, Sofie, og et følge på 24 herremænd samt adelsdamer og jomfruer.

En fødsel og en dåb på Skanderborg Slot

Den 12. december 1574 fødte dronning Sofie sit andet barn på Skanderborg Slot. Datteren Anna blev døbt i Slotskirken 23. januar 1575. Ved den store dåbsfest var der indbudt over 70 gæster af blandt andet den fornemmeste danske adel. Flere måneder i forvejen var der bestilt store mængder mad- og drikkevarer samt mindst 4000 glas.
Anna blev siden gift med den skotske kong Jakob 6., søn af Mary Stuart. Da dronning Elisabeth af England døde uden arvinger, blev Jakob konge og Anna dermed dronning Anne af England.
Så Englands dronning var født i Skanderborg!

Ophold på Skanderborg Slot

Frederik 2. er nok den konge, der har opholdt sig mest på Skanderborg. 
Ved siden af de administrative gøremål kunne han også dyrke jagtens glæder i Dyrehaven og på den omliggende vildtbane. 
Opholdene varede fra få dage til flere måneder og efter giftermålet med Sofie i 1572, var hun som regel med.

Christian 4. og Skanderborg

Christian 4. var ofte på Skanderborg, både som barn og som voksen konge. På grund af de mange krige opførte Christian 4. forsvarsværker omkring slot og by.
Museum Skanderborg er i besiddelse af et skøde, som Christian 4. underskrev 22. februar 1617 under et ophold på Skanderborg Slot. Det drejer som om skødet på en ejendom, som væver Rasmus Nielsen kom til at eje. Grunden lå omtrent, hvor Adelgade 15 ligger i dag.

Slottet på auktion

Skanderborg Slot oplevede endnu en storhedstid under Frederik 4. (1699-1730). Herefter forfaldt slottet, og det endte med, at alt blev solgt på auktion i 1767 – undtagen Slotskirken.